现在秀长与兄长秀吉和侄子丰臣秀赖一起被供奉在大阪市中心区的丰国神社。
天正十一年（1583年）秀吉和织田家家臣柴田胜家战于贱岳（贱岳之战），而秀长天然有参战。就在两军对峙的当口，织田信孝举兵。在秀吉压抑信孝后，敌将佐久间盛政突袭中川清秀的阵营，中川在奋战而死。不过，最后秀吉军胜利。史料·白叟杂话里说到，传闻因为清秀战死的任务，秀长被秀吉叱责。但是也有说秀吉的行动谨慎谨慎的原因，叫守备的秀长作战。如果真的是把作战的任务交给守备的秀长，不能摧毁敌军的步地的能够性也就比较高。并且，白叟杂话作为史料颇受质疑。有一说法，就在这一年，秀长将苗字（姓氏）由木下改成羽柴。
天正十年（1582年）六月二日，织田信长因为部下明智光秀的背叛而死于京都本能寺（本能寺之变），享年四十九岁。秀吉从备中国高松城急返，六月十三日，与明智军战于山崎（山崎会战）。此时，秀长和黑田孝高一同守备天王山。同天，明智光秀败北他杀而死（一说为土民所杀）。同年，秀长任从五位下美浓守。
以下首要先容本能寺后秀长的事迹：
天正十三年（1585年），纪州征讨时，和秀次一起被秀吉任命为副官。战事结束后，秀吉封给秀长纪伊国和和泉国等的六十四万石的领地。同年，和歌山城筑城的任命藤堂高虎为普请推行。这是被誉为筑城名手的高虎最后所筑的城。