太祖讨卓毕，回军长安，百官道迎，诏觐见汉帝。太祖乃于未央宫前鞭挞天下，数灵帝无道，阉宦祸国，公卿败北，世族虚假，豪强兼并，边将放肆，众皆愧，无敢抗者。太祖曰：“自本日起，鞭挞天下、抚士安民，我自为之！”。居长安数月，发《求贤令》，拜荀攸为后智囊中郎将；收董卓所铸劣钱，改铸新钱；度田查隐，按捺兼并；以工代赈，布施百姓；裁汰冗员，减抑军需。关中气象，为之一新。蔡邕女昭姬，素慕太祖，观新政，曰：“此真豪杰也！”乃夜奔自荐，太祖纳之，即蔡夫人也。
初，卓闻太祖将至，因而悉烧宫庙官府居家，尽徙洛阳人数百万口于长安，步骑驱蹙，更相蹈藉，饥饿寇掠，积尸盈路。二百里内无复孑遗。及太祖至茅津，卓亦至。太祖隔河赏格，曰杀卓者，赏令媛，封列侯，留全尸者，加赏十文。卓大怒，然终无能为，遂西入关。留吕布、贾诩守桃林塞，张济守蒲津，牛辅、李儒守陕县。太祖自渡河，策反旧部徐荣、张辽等，杀辅、儒。
绍自清河、平原东逃，仲春，至黄河口蓼城。见朱灵、太史慈率辽东船队渡海而至，围蓼城甚严，心力交瘁，死于城上。攸等皆降。沮授闻绍死，他杀，绍子谭奉邺城降。
居数月，河内将治。而洛阳南宫罹于回禄，灵帝诏天下纳修宫钱每亩十文。太祖不豫，然尤竭力为之。不数日，又诏各州郡发材木文石，部送京师。太祖大怒，欲抗其乱命，忽闻河北黄巾复起，前钜鹿太守郭典战殁。又闻朝廷迫司马直为钜鹿太守，直不忍为，至孟津，服毒而死。太祖急驰孟津，于河上逢公孙范，言刘宽已薨，后事尽托太祖，有遗书予之。太祖奉书泣涕，乃入洛求辞，灵帝许之。太祖因而遍售洛中财产，得令媛，尽沽美酒，言刘师好酒，请往吊者俱饮一觞。扶灵至孟津，将别，与众割瓶对饮，誓不出一文钱买官，而终将复还，廓清朝廷。时袁绍在侧，闻而大异之，遂以太祖为劲敌。
太祖履天子位凡二纪，禅于太宗仁天子，自为太上皇，日以戏猫为乐。居十年，崩。葬泰陵。庙号太祖，谥曰“武”。
仲春，贼果聚众十万往攻，太先人出全军马队两万，逆攻之，全歼贼骑可万余。又以高顺部守营，多设壕沟鹿柴，贼自午达昏，死伤枕籍，终不能下。日暮，太祖出营，引众汇马队两万众亲布阵于东，其军阵严整，盔甲刺眼，迎落日夺目，仿佛天神，贼军望之悚然。太祖见贼震惊，乃令全军喝彩，既停，不鼓，直引众向前，贼阵望旗号摆荡，未及十步，猝停，贼乃恍然惊奇，而阵型渐溃。如是再三，贼全军震惊，摆布离散。贼首郭太遥而望之，知不成为，亦明太祖情意，乃自戕，并使亲卫匣其首以降。太祖查抄降将，劫夺乡里者杀之，骄横犯警者罚之，操行端方者慰之，众心乃安。遂合其兵，临茅津而窥河。
四月，太祖三行表于南阳，谏汉帝回御长安，冀其但愿于万一，然终无所得，不得已遂发兵。曹操刘备，亦联兵拒之。曹操操兵，刘备备粮。
并州五原、云中、雁门、定襄诸郡，闻太祖至，皆如拨云见日，纷相投效。唯匈奴伪单于须卜骨都侯纵兵劫掠，遮断门路。太祖于马邑大破之，俘杀须卜骨都侯，驱余部于河西。腊月，至太原，太守杨终恃晋阳坚城，欲相抗，城中名族临阵背叛，杀之而献城。