按说方面大员第一次进京陛见，理应到处拜见高官、京官，疲于应酬。但是马新贻在最后一次召见后仓促离京，回籍祭祖去了，这是有违常理的，除有严峻事件，不会如许行事。
承平天国在南边纵~横十余年，堆集了大量的金银财宝，大部分囤积在天京。湘军攻破天京，这些金银财宝被湘军劫掠一空，自曾国荃以下，大家发了大财，回籍买田宅，置财产，国人侧目。
据马新贻的先人说，马新贻回籍祭祖假满出发前，将其两位兄长招到秘室，几次叮咛：“我此行休咎难料，万一有不测，你们千万不得赴京告状，忍气吞声，方可自保。”两兄闻言惊骇万状，也不敢向家人流露半分。
这此中，马新贻实授闽浙总督，在进京陛见请训时，曾前后十余次被召见，最后一次是慈禧太后在养心殿住处召见。
马新贻被刺，几天后清廷收回上谕：“亟须严行讯究，即箸魁玉督同司道各官从速严讯，务得确情，尽法严办。”
马新贻离京回籍时，清廷尚未收回其改任两江总督的上谕，马新贻明显已经晓得他要改任两江总督的信息，因为作为闽浙总督是没体例查的。
其间清廷大裁军，湘军被迫裁军数万，裁下的湘军官兵并未回湘，原在湘军中“哥佬会”大行，裁下后就变成了处所上的黑权势，与湘军、官府勾搭，无恶不作，给社会带来不稳。马新贻镇~压了一批处所黑权势，打击了湘军的“处所别动队”。
同治九年七月廿六日（1870年8月22日），马新贻例行阅军，在督府右箭道检阅射箭。阅毕，走侧门步行回督府。前稀有名巡捕开道，后有武弁、兵丁簇拥，而刺客马汶祥从中间俄然冲出，直扑马新贻。
行至清江，郑敦谨打发两个郎中回京交旨，本身写奏折称病不能任职，要求开缺。清廷不允，给假两个月养病。
参审的江苏候补道孙衣言、山东候补道袁保庆对此极其不满，劈面诘责郑敦谨，郑说：“万一审出是某或人主使，某某军队是背景，此案如何结局？”结案奏章须统统参审职员一一“书诺”（即承认并情愿卖力），孙衣言、袁保庆果断不“书诺”。
最后，江苏候补道孙衣言，脾气朴重，文笔老辣，山东候补道袁保庆，嫉恶如仇，言辞锋利，两人候补数年均未得实缺，非常落魄。
最后魁玉、张之万上奏说：“张汶祥矢口不移其供，只是因私对马心胸仇恨，为朋友报仇，为本身泄愤，无另有主使各情，尚属可托。”并以此拟科罪名结案。
结案奏章以四百里加急进京，未等圣旨下达，郑敦谨即携两个郎平分开江宁。曾国藩依例奉上“程仪”，郑分文未取，两个郎中各受纹银500两。
曾国藩接旨后深感难堪，此事他事都想抛清的老狐狸坚辞再任两江总督，并上奏以病体要求开缺养病。清廷不予批准，谕令尽快到差，但曾国藩迟迟不动，迟延近三个月才到江宁接任。
而清廷也并不信赖魁玉、张之万的“拟科罪名”，即谕令曾国藩敏捷回任两江总督，并加派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，照顾刑部两名郎中（即满人郎中伊勒通阿、汉人郎中颜士璋）马上赴江宁复审。
此文一出，震惊朝野，言论大哗，就连慈禧太后也明白此中大有隐情。但是，清廷不会为了一个死去的人，甘冒激变处所权势、摆荡大清江山的风险。斯人已经做古。就让他去吧。
郑的本意也想查个水落石出，也不枉其“铁面忘我”的称呼。审了几日，张汶祥并不改口，曾国藩坐在一旁只听不言。郑敦谨满腹迷惑，暗里问曾有何观点，曾国藩淡淡地说：“看来只好照魁、张原奏之法奏结此案。”