实在曾国藩内心很清楚，清廷仿佛已经发觉到这个案件中曾国荃在内里起的感化，但此人与曾国藩分歧，要想赛过他可不轻易，沉思熟虑以后，慈禧也只能利用曾国藩来压抑那些湘军旧部以及曾国荃。
马新贻离京回籍时，清廷尚未收回其改任两江总督的上谕，马新贻明显已经晓得他要改任两江总督的信息，因为作为闽浙总督是没体例查的。
最后，江苏候补道孙衣言，脾气朴重，文笔老辣，山东候补道袁保庆，嫉恶如仇，言辞锋利，两人候补数年均未得实缺，非常落魄。
其间清廷大裁军，湘军被迫裁军数万，裁下的湘军官兵并未回湘，原在湘军中“哥佬会”大行，裁下后就变成了处所上的黑权势，与湘军、官府勾搭，无恶不作，给社会带来不稳。马新贻镇~压了一批处所黑权势，打击了湘军的“处所别动队”。
同治九年七月廿六日（1870年8月22日）在督府侧门被张汶祥以利刃刺入右胁，次日陨命。在汗青上，马新贻还算是有一点儿政绩的，在任上拔除了一些知名之费扰民黑钱，惩办湘军游勇，打击海盗，兴建水利等。
郑敦谨自行弃官回籍，毕生不再为官。郑彼苍何尝不晓得此中的短长，但做了愿意之事也让贰心中忸捏，永不致仕也是一种心中惭愧的表示。
马新贻到任后晓得了孙、袁二人的才调，点名保奏要孙、袁到督府任职，成为马新贻的摆布手，号称马新贻的一支笔、一张嘴。
曾国藩接旨后深感难堪，此事他事都想抛清的老狐狸坚辞再任两江总督，并上奏以病体要求开缺养病。清廷不予批准，谕令尽快到差，但曾国藩迟迟不动，迟延近三个月才到江宁接任。
最后魁玉、张之万上奏说：“张汶祥矢口不移其供，只是因私对马心胸仇恨，为朋友报仇，为本身泄愤，无另有主使各情，尚属可托。”并以此拟科罪名结案。
慈禧太后用马新贻为两江总督，有没有令其查证曾氏兄弟及湘军个人之劣迹、清查承平天国金银财宝下落的密旨呢？对这个题目，即使没有找到切当证据，但也有蛛丝马迹可寻。
参审的江苏候补道孙衣言、山东候补道袁保庆对此极其不满，劈面诘责郑敦谨，郑说：“万一审出是某或人主使，某某军队是背景，此案如何结局？”结案奏章须统统参审职员一一“书诺”（即承认并情愿卖力），孙衣言、袁保庆果断不“书诺”。
话说马新贻此人也很奇特，人家都说他“薄绩高官”就是说他没有多少政绩却当了一方要员，这倒是一句实话，就连马新贻本身对此也是战战兢兢。不过他的首要政绩是到了两江总督的位子上才有的，这也是让朝廷对他比较对劲的处所。
而清廷也并不信赖魁玉、张之万的“拟科罪名”，即谕令曾国藩敏捷回任两江总督，并加派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，照顾刑部两名郎中（即满人郎中伊勒通阿、汉人郎中颜士璋）马上赴江宁复审。
郑的本意也想查个水落石出，也不枉其“铁面忘我”的称呼。审了几日，张汶祥并不改口，曾国藩坐在一旁只听不言。郑敦谨满腹迷惑，暗里问曾有何观点，曾国藩淡淡地说：“看来只好照魁、张原奏之法奏结此案。”