郑敦谨听后恍然顿悟，明白此案是不能再穷究了。因而即按魁、张原奏之法奏结，仍按原拟罪名定案。
而清廷也并不信赖魁玉、张之万的“拟科罪名”，即谕令曾国藩敏捷回任两江总督，并加派刑部尚书郑敦谨为钦差大臣，照顾刑部两名郎中（即满人郎中伊勒通阿、汉人郎中颜士璋）马上赴江宁复审。
此文一出，震惊朝野，言论大哗，就连慈禧太后也明白此中大有隐情。但是，清廷不会为了一个死去的人，甘冒激变处所权势、摆荡大清江山的风险。斯人已经做古。就让他去吧。
汗青上对马新贻的评价比较客观，马新贻，字谷山，号燕门，别号铁舫，回族，山东菏泽东北五十里马海村人，生于1821年（清道光元年），道光二十七年（1847年）进士，先任安徽建平（今郎溪）县知县，再任合肥县知县，庐州府知府，升任安徽按察使（俗称臬台），再升安徽布政使（俗称藩台），后升浙江巡抚（俗称抚台），成为一省行政长官。
江宁将军魁玉会同藩台梅启照等人审判刺客张汶祥。几天后，又加派漕运总督张之万参与审判。
马新贻被刺，几天后清廷收回上谕：“亟须严行讯究，即箸魁玉督同司道各官从速严讯，务得确情，尽法严办。”
张汶祥口中不断地叫唤：“养兵千日，用兵一时。”“有来有去。”“大丈夫一人做事一人当。”“二十年后又是一条豪杰。”
最后魁玉、张之万上奏说：“张汶祥矢口不移其供，只是因私对马心胸仇恨，为朋友报仇，为本身泄愤，无另有主使各情，尚属可托。”并以此拟科罪名结案。
按说方面大员第一次进京陛见，理应到处拜见高官、京官，疲于应酬。但是马新贻在最后一次召见后仓促离京，回籍祭祖去了，这是有违常理的，除有严峻事件，不会如许行事。